La fauna del Parco è varia e ben rappresentata: marmotte, ermellini, volpi, martore, donnole, lepri variabili, scoiattoli, piccoli roditori e insettivori. Importante è la presenza dello stambecco, introdotto in Valsesia a metà degli anni ’70, che ormai colonizza stabilmente le zone del Parco di Alagna e di Rima, ed è ora in espansione nella vallata di Carcoforo e del camoscio, diffuso un po’ ovunque nel territorio del Parco, con maggiori concentrazioni di animali a Rima e Carcoforo. Notevole anche la presenza di caprioli, facili da incontrare nelle radure vicino ai boschi all’alba e al crepuscolo.
Di particolare interesse l’avifauna dominata dalla presenza dell’aquila reale e di altre numerose specie di rapaci diurni e notturni oltre che, viste le caratteristiche alpine del Parco, del gallo forcello, della pernice bianca e della coturnice.
vedi anche Flora del Parco